Po prvotnem scenariju so nameravali fliš, ki ga ne bodo rabili za nadaljnjo gradnjo, odlagati na opuščenem laporokopu Šalara, na Ankaranski Bonifiki, deponiji Bekovec ter voziti v Anhovo na predelavo. Ker že tako zasičena železniška infrastruktura ne bi zmogla prevzeti še prevozov za potrebe gradnje drugega tira, in bi morebitna preusmeritev na ceste povzročila prevelike obremenitve okolja, je investitor prvotne scenarije ponovno preučil. Odločil se je za kamnolom Črnotiče, kjer bodo material porabili za njegovo sanacijo. Da je ta scenarij okolju bolj prijazen so pritrdili tudi na Ministrstvu za okolje, družba 2TDK pa bo s tem prihranila 40 milijonov evrov.