Organizacijska struktura podjetja je prilagojena potrebam odjemalcev naših storitev. Prav zato se razvoj in spremembe v logistični panogi odražajo v načinu delovanja našega podjetja.
Osnovno dejavnost izvajamo v sklopu pet profitnih centrov (PC), ki so organizirani glede na blago oziroma tovor, ki ga sprejemajo. Vsak PC ima svoje značilnosti, ki jih določajo za blago specifični delovni proces, tehnološki postopki in tehnologija.
Strokovno podporo upravi družbe, profitnim centrom in odvisnim družbam nudijo strokovne službe, organizirane glede osnovne poslovodske funkcije in specifične potrebe dejavnosti.
V Skupino Luka Koper so povezane družbe, ki z različnimi storitvami zaokrožajo celovito ponudbo pristanišča. Poleg obvladujoče družbe Luka Koper, d. d., Skupino Luka Koper sestavljajo tudi odvisne družbe ter skupaj obvladovane in pridružene družbe.
Uprava in nadzorni svet
V družbi je v veljavi dvotirni sistem upravljanja, po katerem ima družba tri organe upravljanja: skupščino delničarjev, nadzorni svet in upravo
